Xã Mỹ Bình được thành lập vào ngày 1 tháng 4 năm 2003 trên cơ sở 2.107 ha diện tích tự nhiên và 4.925 người của xã Mỹ Quới[1]. Khi mới thành lập, xã thuộc huyện Thạnh Trị.

Ngày 31 tháng 10 năm 2003, huyện Thạnh Trị được chia thành hai huyện Thạnh Trị và Ngã Năm[3], xã Mỹ Bình thuộc huyện Ngã Năm.

Từ ngày 29 tháng 12 năm 2013, xã Mỹ Bình thuộc thị xã Ngã Năm như hiện nay.[4]